Carto-graphiques du Covid-19

L’épidémie du Covid-19 donne lieu à un grand nombre de visualisations permettant de suivre sa diffusion. Nous avons déjà relayé le très bon inventaire fait sur la question par Décryptagéo et l’article de Sylvain Genevois. Cela constitue un matériau intéressant que nous proposons de recenser sur le blog pour permettre à tous d’en prendre connaissance, pour soutenir les idées de projets et/ou les études en cours, intégrant analyses et comparaisons. Ce recensement peut également servir pour nos enseignements.

Nous avons commencé à organiser cet inventaire  en 5 catégories :

  • Environnement d’explorations graphiques et cartographiques / tableaux de bord internationaux
  • Graphiques de comparaisons internationales
  • Tableaux de bord nationaux
  • Synthèses
  • Modélisations et scénarii

N’hésitez pas à contribuer à cet inventaire en nous envoyant de nouveaux liens par e-mails ou en nous les signalant par un commentaire sur cette page.
Nous préparons une deuxième page dédiée cette fois à la visualisation des effets liés au confinement.

Tableaux de bord et environnement d’explorations de données, à l’échelle internationale

Genomic epidemiology of novel coronavirus
https://nextstrain.org/ncov?l=clock

Nextstrain est un projet Open Source visant à exploiter le potentiel scientifique et de santé publique des données du génome des agents pathogènes. L’objectif est d’aider à la compréhension épidémiologique et d’améliorer la réponse à l’épidémie. Les données sont téléchargeables.

Source des données : GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data), un projet qui encourage activement le développement de nouveaux outils de recherche pour l’analyse des données sur la grippe en aidant les développeurs à faciliter l’intégration ou la connexion de leurs outils pour analyser les données GISAID.

COVID-19 Surveillance Dashboard
http://ncov.bii.virginia.edu/dashboard/

Un tableau de bord impressionnant à la fois d’interroger les données de manière tabulaire (requête)  et qui combine différents types de visualisation, graphiques et cartographiques. Introduction d’une ligne du temps . (university of virginia, biocomplexity institute)

Un autre onglet permet une visualisation rendant compte des clusters par classes d’âge et provenance

Source: Data- World Health Organization (WHO), the Centers for Disease Control and Prevention (CDC), the European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC), NHC, DXY and QQ, and curated by NSSAC, 1point3acres and JHU

Coronavirus COVID-19 – Suivi quotidien des cas mondiaux
https://www.datavis.fr/playing/map-coronavirus/fullscreen.html

datavis.fr propose ce dashboard qui permet de suivre l’évolution du nombre de cas dans le monde. Il est accompagné d’un tutoriel pour vous aider à créer rapidement votre propre dashboard. Avis aux curieux !

Sources des données : John Hopkins CSSE. Les données sont mises à jour quotidiennement et automatiquement, peu après minuit pour le jour précédent.

Coronavirus COVID-19 Global Cases by the Center for Systems Science and Engineering (CSSE) at Johns Hopkins University (JHU)
https://coronavirus.jhu.edu/map.html

Cette université privée de l’État du Maryland est désormais célèbre pour sa carte interactive qui dénombre en temps réel les personnes ayant été testées positives ou mortes des suites du Covid-19 dans le monde. C’est aussi cette université (CSSE) qui fournit les données exploitées dans la plupart des projets présentés dans ce billet. Les données sont toutes téléchargeables (tableur + donnée SIG).

Sources des données : WHO, CDC, ECDC, NHC, DXY, 1point3acres, Worldometers.info, BNO, state and national government health departments, and local media reports. 

Harvard Medical School et Boston Children’s Hospital notamment se sont associés pour créer cet outil cartographique exploité dans le cadre de différents projets : 

La cartographie HeathMap’s outbreaks near me informe sur 12 catégories de maladies ; les informations sur le coronavirus font partie des maladies respiratoires.  Les risques environnementaux (par exemple, les fermetures de plages en raison des eaux usées) et les maladies animales (par exemple, les renards trouvés avec la rage) sont également intégrés .

Source de données : non précisée.

Ce film a été réalisé à partir de cartes de chaleur (Heatmap), permettant de visualiser la propagation du Covid-19 à travers le monde. Les données sont accessibles en ligne sur Github (https://github.com/beoutbreakprepared/nCoV2019/tree/master/latest_data).

Source de données : non précisée.

Ce projet puise sa matière dans l’actualité diffusée sur le web  et il permet ainsi de suivre l’expansion du virus Covid-19 à deux échelles différentes (pays / région). 

Source des données : Google.

 

 

 

 

Novel Coronavirus (COVID-19) Situation (World Health Organisation, ESRI)
https://experience.arcgis.com/experience/685d0ace521648f8a5beeeee1b9125cd

Partie intégrante du web SIG Esri, Operations Dashboard for ArcGIS est une application Web configurable qui permet la visualisation et l’analyse de données, en fonction de la localisation, en temps réel. Dans le cas présent, le dashboard proposé est celui de l’OMS (WHO in engl.) et il permet de suivre l’évolution du nombre de cas détectés et le nombre de décès par pays.

Sources des données : WHO (World Health Organization), National Health Commission of the People’s Republic of China.

Graphiques comparatifs internationaux

17 (or so) responsible live visualizations about the coronavirus, for you to use
https://blog.datawrapper.de/coronaviruscharts/#comment-217

Lisa Charlotte Rost propose ici différents graphiques, cartes et tableaux qui explorent les derniers chiffres sur le coronavirus. Toutes ces visualisations de données peuvent être modifiées, au grès des besoins de chacun. Quelques 20 éléments sont présentés dans ce billet pour s’informer régulièrement des dernières évolutions. 

Source des données : Johns Hopkins CSSE.

Coronavirus tracked: the latest figures as the pandemic spreads
https://www.ft.com/coronavirus-latest

John Burn-Murdoch, Journaliste spécialisé en visualisation de données, propose quelques analyses « statiques » pour et avec l’aide du Financial Time (FT), autour des thèmes suivants : « the countries affected, the number of deaths and the economic impact. »

Source des données : analyses du FT des données de la John Hopkins University (CSSE), pour l’essentiel. Les sources sont toutes indiquées clairement sous chacun des graphiques.

Coronavirus country comparator
https://boogheta.github.io/coronavirus-countries/#confirmed&countries=Italy,Spain,Germany,Iran,France,South%20Korea

Benjamin Ooghe-Tabanou, Ingénieur spécialisé en informatique appliqué à la Recherche et intégré à l’équipe du médialab (Science Po), propose ici une interface dynamique permettant de comparer les pays entre eux, en termes de cas confirmés et de décès liés au Coronavirus. Cette application web est un logiciel libre et Open Source, publié sous licence AGPL V3 et son code source est disponible sur GitHub. L’interface est basée sur Vue.js, Vuetify.js et d3.js.

Source des données : les données publiées quotidiennement par le Center for Systems Science and Engineering (CSSE) de l’Université Johns Hopkins (JHU).

The Covid-19 pandemic in two animated charts
https://www.technologyreview.com/s/615414/the-covid-19-pandemic-in-two-animated-charts/

MIT Technology Review propose ici deux graphiques. Le premier est un graphique en barres, réalisé par Flourish Team. Il permet de visualiser le nombre de cas confirmés entre le 22 Janvier et le 26 Mars, dans différents pays touchés par le COVID-19. Une animation a été mise en place pour visualiser les pays les plus impactés par l’augmentation du nombre de cas, les jours passant. Ce même type de graphique dynamique est proposé pour le nombre de décès constatés.

Source des données : Johns Hopkins CCSE

Tableaux de bord  nationaux

COVID-19 comprehensive map in Korea
https://coronapath.info/eng.html

Représentations cartographiques et statistiques du nombre de cas détectés et des décès enregistrés en Corée du Sud.

Source : données du Korea Center for Disease Control.

France par région – ESRI 
Lien

Tableau de bord réalisé par Gaëtan Lavenu d’ESRI France, à l’échelle des départements, en métropole : il permet de suivre, au jour le jour, l’évolution des personnes hospitalisées, du nombre de décès, des capacités de réanimation…  

Source : Santé Publique France.

Bilan du Coranavirus (COVID-19) en France et dans le monde
https://www.bilancoronavirus.fr/
Un tableau de bord très fourni sur la situation en France  autant sur le bilan de la maladie que sur les dépistages, les urgences… avec des décompositions par  tranche d’âge. Des tableaux de bors existent aussi pour l’Italie, l’Espagne et la Belgique. D’après Sourya Nirasay

Sources:  pour la France Données Santé Publique et INSEE

COVID-19: cartographie(s) d’un débordement
https://analytics.huma-num.fr/Nicolas.Lambert/covid19/

Nicolas Lambert propose une série de cartes sur le l’épidémie en faisant des choix cartographiques remettant les vies humaines au centre des visualisations: de statistiques agrégées , des chiffres aux individus. Il explique ses choix https://neocarto.hypotheses.org/10229

Source : data.gouv.fr 

Cinq cartes et graphiques pour suivre l’évolution du coronavirus en France jour par jour
https://www.franceinter.fr/societe/cinq-cartes-et-graphiques-pour-suivre-l-evolution-du-coronavirus-en-france-jour-par-jour

Chaque jour, France Inter fait le point, avec les données publiées par Santé Publique France, sur le nombre d’hospitalisations et de déplacements en réanimation de patients sur tout le territoire.

Source : Santé Publique France.

 

Synthèses

Geographical tracking and mapping of coronavirus disease COVID-19/severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) epidemic and associated events around the world: how 21st century GIS technologies are supporting the global fight against outbreaks and epidemics – Maged N. Kamel Boulos & Estella M. Geraghty – International Journal of Health Geographics
https://ij-healthgeographics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12942-020-00202-8

Cet article propose des conseils et décrit une gamme de SIG, de tableaux de bord et d’applications pratiques en ligne/mobile pour le suivi de l’épidémie de coronavirus 2019/2020 et des événements associés au fur et à mesure qu’ils se déroulent dans le monde. Certains de ces tableaux de bord et applications reçoivent des mises à jour de données en temps quasi réel, et l’un d’eux est destiné aux utilisateurs individuels (en Chine) pour vérifier si l’utilisateur de l’application a eu un contact étroit avec un personne confirmée ou soupçonnée d’avoir été infectée par le SRAS-CoV-2 dans un passé récent. Nous discutons également d’autres façons dont le SIG peut soutenir la lutte contre les épidémies et les épidémies de maladies infectieuses.

COVID-19 cartographie: tentative d’inventaire – DécryptaGéo
https://decryptageo.fr/covid-19-cartographie-inventaire/

Les représentations cartographiques de l’épidémie de Covid-19 se multiplient, grâce notamment aux bases de données ouvertes des agences étatiques qui recensent les cas avérés ainsi que les décès. Même si ces données officielles restent discutables face à la « pression du dépistage » très variable d’un pays à l’autre, voire d’une région à l’autre, ces cartes sont un élément essentiel du récit collectif en train de se construire sur la pandémie en cours.

Coronavirus Map: Tracking the Global Outbreak                                                                                     
https://www.nytimes.com/interactive/2020/world/coronavirus-maps.html

Cette page Internet mise à jour régulièrement par le New York Times permet de suivre l’épidémie de Coronavirus à l’échelle du monde ou à l’échelle de grandes régions (US, Europe, Asie), au moyen de cartes ou de graphiques. 

Modélisation et Scénarii

Coronavirus Could Overwhelm U.S. Without Urgent Action, Estimates Say
James Glanz, Lauren Leatherby, Matthew Bloch, Mitch Smith, Larry Buchanan, Jin Wu and Nicholas Bogel-BurroughsMarch 20, 2020

https://www.nytimes.com/interactive/2020/03/20/us/coronavirus-model-us-outbreak.html

Why outbreaks like coronavirus spread exponentially and « how t « flatten » the curve

Modèle agents de diffusion

https://www.washingtonpost.com/graphics/2020/world/corona-simulator/

CoVprehension: Comprendre l’épidémie actuelle de COVID-19

Une question, un modèle : un équipe de chercheur.e.s spécialisés dans la modélisation et les épidémies offrent des visualisations de simulations simples pour répondre aux questions de propagations. Très pédagogique!

https://covprehension.org/


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